
James M. Ferguson
Bioinformatiker
Ich bin ein Bioinformatiker, der sich auf Genomtechnologien, Echtzeit-Nanoporensequenzierung, Signalanalyse, maschinelles Lernen und zugehörige Hardware spezialisiert hat. Ich habe einen Hintergrund in der Softwareentwicklung und mehr als ein Jahrzehnt Erfahrung in der Pathologiebranche.
Forschungsinteressen
Ich bin Genomic Systems Analyst am Garvan Institute mit einem Hintergrund in klinischen Pathologietests, Algorithmen und Softwareentwicklung. Als Leiter der computergestützten Entwicklung innerhalb der Genomic Technologies Group des Center for Population Genomics setze ich meine einzigartigen Fähigkeiten ein, um neue bioinformatische Werkzeuge zu entwickeln sowie die Infrastruktur für die Nanoporensequenzierung zu entwerfen und zu unterstützen.
Meine Forschungsgebiete umfassen:
Nanoporen-Signalanalyse
Klinische Prüfung und Methodenentwicklung
Kurze Tandemwiederholungsstörungen
Virale Genomik (HIV/SARS-Cov-2)
Einzelzellsequenzierung
Direkte RNA-Sequenzierung
Genom-Assemblierung
Methylierungserkennung
Maschinelles/tiefes Lernen
Veröffentlichungs-Highlights


Ferguson, JM und MA Smith (2019). „ SquiggleKit: ein Toolkit zum Manipulieren von Nanoporen-Signaldaten. “ Bioinformatics 35(24): 5372-5373.
Smith, MA, T. Ersavas, JM Ferguson , H. Liu, MC Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton und EM Novoa (2020). „ Molecular barcoding of native RNAs using nanopore sequencing and deep learning. “ Genome Res 30(9): 1345-1353.
Ferguson, JM , H. Gamaarachchi, T. Nguyen, A. Gollon, S. Tong, C. Aquilina-Reid, R. Bowen-James und IW Deveson (2021). " InterARTIC: eine interaktive Webanwendung für die Nanoporen-Sequenzierungsanalyse des gesamten Genoms von SARS-CoV-2 und anderen Viren. " Bioinformatik.