top of page
4Gf_tFdh_400x400.jpg

James M. Ferguson

Bioinformatiker

Ich bin ein Bioinformatiker, der sich auf Genomtechnologien, Echtzeit-Nanoporensequenzierung, Signalanalyse, maschinelles Lernen und zugehörige Hardware spezialisiert hat. Ich habe einen Hintergrund in der Softwareentwicklung und mehr als ein Jahrzehnt Erfahrung in der Pathologiebranche.

Forschungsinteressen

Ich bin Genomic Systems Analyst am Garvan Institute mit einem Hintergrund in klinischen Pathologietests, Algorithmen und Softwareentwicklung. Als Leiter der computergestützten Entwicklung innerhalb der Genomic Technologies Group des Center for Population Genomics setze ich meine einzigartigen Fähigkeiten ein, um neue bioinformatische Werkzeuge zu entwickeln sowie die Infrastruktur für die Nanoporensequenzierung zu entwerfen und zu unterstützen.

Meine Forschungsgebiete umfassen:

  • Nanoporen-Signalanalyse

  • Klinische Prüfung und Methodenentwicklung

  • Kurze Tandemwiederholungsstörungen

  • Virale Genomik (HIV/SARS-Cov-2)

  • Einzelzellsequenzierung

  • Direkte RNA-Sequenzierung

  • Genom-Assemblierung

  • Methylierungserkennung

  • Maschinelles/tiefes Lernen

Contact

Veröffentlichungs-Highlights

m_btz586f1.jpeg
Screen Shot 2019-10-11 at 13.58.23.png

Ferguson, JM und MA Smith (2019). „ SquiggleKit: ein Toolkit zum Manipulieren von Nanoporen-Signaldaten. “ Bioinformatics 35(24): 5372-5373.

Smith, MA, T. Ersavas, JM Ferguson , H. Liu, MC Lucas, O. Begik, L. Bojarski, K. Barton und EM Novoa (2020). „ Molecular barcoding of native RNAs using nanopore sequencing and deep learning. “ Genome Res 30(9): 1345-1353.

Ferguson, JM , H. Gamaarachchi, T. Nguyen, A. Gollon, S. Tong, C. Aquilina-Reid, R. Bowen-James und IW Deveson (2021). " InterARTIC: eine interaktive Webanwendung für die Nanoporen-Sequenzierungsanalyse des gesamten Genoms von SARS-CoV-2 und anderen Viren. " Bioinformatik.

Kontakt
Information

Gruppe Genomische Technologien
Zentrum für Populationsgenomik

Garvan Institute of Medical Research

  • github
  • LinkedIn
  • Twitter
  • mastodon

Danke fürs Einsenden!

©2022 James M. Ferguson. Erstellt mit Wix.com

bottom of page
Mastodon Verification